Харацай – старинное казачье село. Первоначальные записи и упоминания о нём в «Исторических записках о Кяхтинской границе, составленной советником троицко-савского пограничного правления Сычевским в 1846 году» гласят, что «9 мая был поручен Култуцкого зимовья ясяшным тунгусам: шуленге Тонуму Табитуеву, да Чинек Заргунгаеву, и при них улусных людей пять человек; оным определенно пограничное смотрение до указу, а оные поставлены на устье речки Харцагая, письменный акт об установке пост-маяка заключен 18 октября 1727 года»
В тех же записках Сычевского от 1846 года говорится, что «Крепость Харацайская, есть форпост на реке джида, учрежденная в 1773 году при иркутском губернаторе Брилеме, число служивых:
- из них русских чиновников – 2 чел,
- нижних чиновников – 38 чел
- из инородцев: нижних чиновников – 16 чел.
18 октября 1727 года – установлен 9-й пост – маяк на устье речки Харцагай.
В 1860 году крепость переименована в Атамано-Николаевскую станицу, которая в 1930 году была преобразована в колхозы «Путь Ленина», «Возрождение», в 1959 году, образован колхоз «Красный октябрь». В 1968 г. создан создан совхоз «Харацайский», а с 1994 г. создана самостоятельная администрация.
Указом от 15 января 1802 года "Его Императорского Величества" в 03.04.1805 г. открыта "Харацайская Вознесенская церковь". Именно они, первые священнослужители, несли в народ «слово божие», обучали детей церковной грамоте. Первым священником был Василий Карнаков, который был направлен Иркутской духовной консисторией 9 октября 1807 года.
Факты из истории: священник Харацайской церкви Зуйков Дмитрий Алексеевич, 1986 г.р., на допросе отвечал, что к факту прихода Советских войск в Джидинский район отнесся враждебно, когда продовольственные комиссары изымали излишки продовольствия у населения, агитировал, чтобы не сдавали продукты, прятали и говорил, что Советская власть долго не просуществует. За проведение контрреволюционной агитации был арестован и препровожден в Иркутский губчека.
В 1864 году была открыта «Казачья полковая школа», которая от 28 февраля 1892 года была преобразована в Церковно-Приходскую школу. В 1919 году школа преобразована в начальную, в статусе которой была до 1968 года.
В 1968 году в селе открылась 8-летняя школа, которая в 2000 году стала средней.